Según se establece en la Ley de Creación del Consorcio de Transportes de Bizkaia, es competencia propia de éste, la de gestionar el servicio público de transporte a prestar por el Ferrocarril Metropolitano de Bilbao y, al mismo tiempo, dejó establecido el sistema de gestión por el cual había de ejercerse aquella importante competencia, tratándose de la gestión directa por medio de una Sociedad Anónima constituida por el propio Consorcio y cuyo capital habría de pertenecer en su integridad a éste.

Esta Sociedad Anónima se constituyó ante notario en Bilbao en 18 de febrero de 1993, bajo la denominación de Metro Bilbao, S.A. asumiendo la gestión del Ferrocarril Metropolitano de Bilbao y la explotación del servicio público de transportes que a éste es inherente. Se rige por sus Estatutos aprobados por el Consejo General del Consorcio en su sesión de 12 de noviembre de 1992.

Es presidente de Metro Bilbao, S.A. el Diputado General de Bizkaia, José Luis Bilbao Eguren, que cesará en su cargo cuando finalice su mandato como Diputado General.

El órgano de administración de la Sociedad es su Consejo de Administración que en la actualidad está formado por:

 PRESIDENTE

JOSE LUIS BILBAO EGUREN
Diputado General de Bizkaia.

 VICEPRESIDENTE

IÑAKI AZKUNA URRETA
Excmo. Sr. Alcalde-Presidente del Ayuntamiento de Bilbao

 VOCALES

JUAN CRUZ NIEVES PRADA
Director Gerente del
Consorcio de Transportes de Bizkaia

JON IÑAKI BETOLAZA SAN MIGUEL
Viceconsejero de Transportes del Gobierno Vasco

MIREN MIRARI ARRUABARRENA ELIZALDE
Directora de Infraestructura del Transporte del
Gobierno Vasco

MANUEL URQUIJO URRUTIA
Viceconsejero de Presupuestos y Control Económico del
Gobierno Vasco

IÑIGO PALOMINO ZUBIAURRE
Director de Transportes del Gobierno Vasco

ITZIAR GARAMENDI LANDA
Diputada Foral de Transportes y Urbanismo

MIKEL CABIECES GARCIA
Alcalde de Portugalete

RICARDO ITUARTE AZPIAZU
Alcalde de Santurtzi